Para las versiones alternativas de HYDRA, véase Hub de HYDRA.
"HYDRA se fundó bajo la creencia de que a la humanidad no se le podía confiar su propia libertad. Lo que no comprendimos es que si tratas de arrebatarles esa libertad, se resistirán. La guerra nos enseñó mucho. La humanidad tenía que entregar su libertad por voluntad propia. Después de la guerra, S.H.I.E.L.D. fue fundada y me reclutaron. La nueva HYDRA creció, un hermoso parásito dentro de S.H.I.E.L.D. — Durante setenta años, HYDRA secretamente ha probado crisis. Incitando guerras. Y cuando la historia no cooperó, la historia fue alterada."
HYDRA fue una organización autoritaria terrorista-penal-paramilitar dedicada a la dominación mundial. Fue fundada en la antigüedad como una sociedad secreta en torno a la adoración fanática del Inhumano Alveus, quien fue exiliado al planeta Maveth por los antiguos Inhumanos. Desde su destierro, la organización planeó traerlo de vuelta a la Tierra para comenzar con su plan de dominación planetaria. A través de los siglos, el culto evolucionó tomando muchas formas, con una encarnación surgiendo durante el nazismo en Alemania bajo la dirección de Johann Schmidt como una división científica de los nazis. Durante este tiempo, el culto tomó el nombre de HYDRA, que se había convertido en el sello más coloquial de la organización. Durante la Segunda Guerra Mundial, Schmidt separó a HYDRA de la Alemania nazi para comenzar su propia conquista mundial.
Después de la derrota de la organización a manos de Steven Rogers en 1945 y la posterior desaparición de Johann Schmidt, HYDRA fue reconstruida en secreto dentro de S.H.I.E.L.D. por el científico de Schmidt, Arnim Zola, quien fue reclutado por la agencia durante la Operación Paperclip. Aunque el cuerpo de Zola murió en 1972, HYDRA ya estaba bien establecida, y la mente de Zola continuó viviendo en una computadora. Asimismo, James Barnes adquirió habilidades sobrehumanas y fue controlado por HYDRA para llevar a cabo asesinatos de gente importante. En las décadas siguientes, HYDRA alimentó en secreto las crisis en todo el mundo, con el objetivo de crear una sociedad que acepte el nuevo orden mundial fascista sólo para ganar su seguridad.
A principios del siglo 21, los agentes de HYDRA lograron esparcirse fuera de S.H.I.E.L.D., infiltrándose en muchas organizaciones importantes, incluyendo el Gobierno de los Estados Unidos y el Consejo Mundial de Seguridad, y con el tiempo estableciendo muchas bases secretas de todo el mundo. Uno de los principales agentes de HYDRA en S.H.I.E.L.D., Jonathan Garrett, en secreto dirigió el Proyecto Ciempiés con el objetivo de recrear el Suero del Súper Soldado. En 2014, los planes de HYDRA para la dominación mundial casi se lograron a través de su agente líder Alexander Pierce y el Proyecto Insight de S.H.I.E.L.D. — Sin embargo, sus planes para eliminar a las veinte millones de personas que representaban una amenaza para HYDRA fracasaron debido a los esfuerzos de Steven Rogers, quien expuso públicamente su infiltración en S.H.I.E.L.D. — Sin embargo, un nuevo líder, Wolfgang von Strucker, ya tenía nuevos planes de dominación mundial, que incluía a los gemelos Wanda y Pietro Maximoff, y el Cetro.
Con su existencia conocida públicamente, HYDRA comenzó una guerra contra los restos de S.H.I.E.L.D., apoderándose de muchas de sus instalaciones — Durante meses, las fuerzas de HYDRA lideradas por Jonathan Garrett se enfrentaron en una lucha feroz contra el pequeño equipo de leales agentes de S.H.I.E.L.D. dirigidos por Phillip Coulson. A pesar de su intento de infiltrarse en las Fuerzas Armadas de los Estados Unidos a través de Ian Quinn y los Soldados Deathlok, el grupo de Garrett fue derrotado en última instancia, a través de los esfuerzos combinados del antiguo Director de S.H.I.E.L.D., Nicholas Fury, el Equipo de Coulson y el Cuerpo de Marines de los Estados Unidos.
No obstantte, S.H.I.E.L.D. fue declarado por las autoridades públicamente como una organización terrorista, y muchos agentes de HYDRA continuaron con su trabajo, incluyendo el miembro de alto rango, Daniel Whitehall, quien quería recuperar el misterioso Obelisco. Sin embargo, Whitehall fue asesinado antes de que pudiera explotar plenamente el Obelisco, su segundo al mando Sunil Bakshi fue capturado, y muchos otros jefes de HYDRA murieron por sí mismos cuando fueron engañados por S.H.I.E.L.D. al pensar que había una lucha de poder dentro de las filas de HYDRA. Los jefes que quedaron eran Wolfgang von Strucker y el Doctor List, quienes siguieron con sus experimentos con individuos alterados. Sin embargo, esto llegó a su fin cuando los Vengadores atacaron la Base de Investigación de HYDRA, con List siendo asesinado, y Strucker fue encarcelado y posteriormente asesinado por Ultrón. La muerte de Strucker marcó el final de la facción militarista y científica de HYDRA, permitiendo que sus raíces más antiguas tomaran el control.
Dos de los pocos líderes restantes de HYDRA, Grant Ward y Gideon Malick, unieron fuerzas para reconstruir HYDRA, destruir S.H.I.E.L.D. y traer a Alveus a la Tierra. A pesar de la muerte de Ward en Maveth por parte de Coulson, el plan de Malick tuvo éxito porque Alveus tomó posesión del cuerpo de Ward y regresó a la Terra en su cadáver reanimado. Alveus lentamente comenzó a tomar el control de algunos Inhumanos, y al mismo tiempo se hizo cargo del liderazgo de la célula de Malick, quien fue asesinado por Daisy Johnson. Alveus eventualmente fue destruido y la organización aparentemente pereció ante la campaña militar dirigida por el General Glenn Talbot.
Fiel a su juramento, HYDRA sobrevivió incluso en la derrota. Una sola célula liderada por la oficial de la Fuerza Aérea de los Estados Unidos, la General Hale, continuó su búsqueda de los agentes de S.H.I.E.L.D. y, al mismo tiempo, trabajó para salvar a la humanidad de una amenaza espacial. A pesar de su trato con la Confederación, Hale esperaba convertir a su hija en la persona más fuerte de la Tierra para obligarlos a cambiar los términos del trato. Sin embargo, S.H.I.E.L.D. intervino en sus planes e incluso la perspectiva de garantizar la seguridad de la humanidad no pudo unir a las organizaciones como Hale esperaba. Finalmente, Hale fue asesinada por un Glenn Talbot alterado por el Gravitonio, dejando el destino de HYDRA incierto.